Recentemente, a ADUNIFESP foi acusada de ter feito uma Representação junto ao Ministério Público Federal (MPF) contra a FAP-UNIFESP. Essa acusação ocorreu no exato momento em que o MPF, após denúncia ANÔNIMA, fazia recomendações pela gratuidade do ensino, questionando a cobrança de cursos de especialização ministrados na UNIFESP.